90%以上男性病人的尿道分泌物作革兰氏染色涂片可迅速找到淋球菌，而女性阴道分泌物革兰氏染色检查的敏感性仅约60%。直肠受累时作直肠镜检查可见肠壁上有粘液脓性分泌物。所有的女性，以及尿道分泌物革兰氏染色检查阴性或结果可疑的男性，应作生殖道分泌物培养或遗传学鉴定。有咽或直肠感染症状的男性和女性，均应作培养或遗传学诊断，因为革兰氏染色的敏感性及特异性均较差。培养时，应将取自尿道，子宫颈，直肠和其他感染部位的渗出物接种到适宜的培养基，在35~36℃温度，含有3%~10%CO2的大气中孵育48小时。24小时后已可见某些菌落；大多数在48小时出现。若当时无足够的实验设施，可将标本接种到可输送的培养基上运送到实验室，在48小时内，最好在24小时内，作次代培养。
以基因探针为基础的能可靠而快速检测淋球菌RNA的诊断试验可结合检测衣原体的试验，以过筛淋球菌和衣原体所致的尿道炎或子宫颈炎。在此同时以及3个月后应作梅毒血清学试验，并且还应彻底检查病人以排除其他性传病。